Kompostoinnissa ihminen auttaa luontoa järjestämällä jätteitä hajottaville pieneliöille hyvät toimintaolosuhteet. Jätteitä hajottavat pääasiassa bakteerit, sienet, sädesienet ja lierot, apunaan runsas joukko mitä erilaisimpia pieneliöitä.
Pieneliöiden työn tuloksena vapautuu jätteistä vettä tai vesihöyryä, hiilidioksidia, ravinteita ja lämpöenergiaa. Samalla muodostuu maan viljavuudelle tärkeää humusta. Kompostin pieneliöt käyttävät ravintonaan niin kompostoitavia jätteitä kuin toisiaankin. Elintoiminnoillaan ne tuottavat kompostiin lämpöä. Tämän ansiosta komposti voi lämmetä jopa 70–80 asteeseen, mikä onkin eduksi laadukkaan kompostimullan muodostukselle.
Kompostoituminen jakautuu kolmeen vaiheeseen: lämpenemisvaihe, kuumavaihe ja jäähtymisvaihe. Eri vaiheiden esiintyminen riippuu kompostoitavasta jätteestä ja kompostointitavasta. Jatkuvatoimisessa kompostorissa, kuten Biolan Pikakompostorissa, kompostoituminen lähtee käyntiin, kun noin 2/3 tilavuudesta on täynnä.
Lämpenemisvaiheessa kompostin valtaavat bakteerit ja sädesienet. Ne käyttävät ravintonaan kompostin makoisimpia paloja, esim. sokereita ja valkuaisaineita. Lämpenemisvaiheessa komposti muuttuu happamaksi, eli sen pH-arvo laskee. Jatkossa happamuus tasaantuu niin, että valmiin kompostin pH on lähellä neutraalia (pH 7).
Hyvin toimiva komposti lämpenee muutamassa päivässä 30–50 asteeseen. Tällöin ensimmäisen vaiheen hajottajat väistyvät. Kuumiin oloihin erikoistuneet bakteerit ja sädesienet valtaavat kompostin ja käyttävät ravinnokseen kompostin helposti hajoavia ravintoaineita. Helposti hajotettavan energian ansiosta kompostin lämpötila voi nousta jopa 85 asteeseen. Myös kuumavaihe on lyhyt, enintään muutamia viikkoja.
Helpoimmin hajotettavan ravinnon loppuessa seuraa energiakriisi: kompostin lämpötila alkaa laskea. Uudet hajottajat valtaavat kompostin. Vaikeasti hajotettavia, esim. puuaineita ryhtyvät lahottamaan mm. sienet ja sädesienet. Kompostissa voi kasvaa tuttuja lakkisieniä, esim. herkku- ja mustesieniä. Myös homesienet kuuluvat toimivaan kompostiin. Jäähtymisvaiheessa kompostissa voi paljain silmin havaita muutakin elämää: tunkiolieroja, kovakuoriaisia, tuhatjalkaisia ym. Jäähtymisvaihe kestää kauan, jopa useita kuukausia. Vasta sen aikana kompostissa alkaa muodostua humusta.
Kompostoitumisen eri vaiheet erottuisivat selvimmin, jos komposti täytettäisiin kerralla. Jatkuvatoimisissa kompostoreissa, kuten Biolan Pikakompostorissa, biojätettä viedään kompostoriin sitä mukaa, kun sitä keittiössä syntyy. Jatkuvatoimisissa kompostoreissa kaikki kompostoitumisen vaiheet tapahtuvat kompostorin sisällä samaan aikaan eri ikäisissä kerroksissa.